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目录
第1章 R语言基础知识
 1.1 R语言概述
  1.1.1 R语言的前世今生
  1.1.2 R语言的特点
 1.2 环境配置
  1.2.1 安装程序下载
  1.2.2 R语言安装与启动
  1.2.3 辅助工具RStudio
  1.2.4 包的安装与加载
 1.3 帮助系统
  1.3.1 基本帮助系统
  1.3.2 在线帮助资源
第2章 R语言基本语法
 2.1 变量与数据类型
  2.1.1 对象与赋值方式
  2.1.2 基础数据类型
 2.2 数据结构与索引操作
  2.2.1 向量、矩阵与数组
  2.2.2 列表与数据框的创建
  2.2.3 数据结构的索引与切片
第3章 R语言常用绘图库详解
 3.1 绘图库概述与选型原则
  3.1.1 R绘图系统分类
  3.1.2 不同绘图库适配的数据结构要求
 3.2 ggplot2基础语法与图形构造
  3.2.1 图层语法结构
  3.2.2 常用几何图形函数
  3.2.3 坐标与分面
  3.2.4 图例与颜色控制
 3.3 ggplot2进阶功能与可视化增强
  3.3.1 统计图层
  3.3.2 自定义样式
  3.3.3 多图排布
  3.3.4 常用辅助包
 3.4 lattice图形系统结构与使用方法
  3.4.1 lattice语法基础与panel机制
  3.4.2 常用函数
  3.4.3 分组与布局设置方法
第4章 单变量分布图
 4.1 经典可视化
  4.1.1 直方图
  4.1.2 密度图
 4.2 占比型变量的可视化
  4.2.1 饼图
  4.2.2 圆环图&旭日图
 4.3 分组关系与变化趋势可视化
  4.3.1 圆堆积图
  4.3.2 曼哈顿图
  4.3.3 瀑布图
第5章 双变量关系图
 5.1 分组点图与误差分析
  5.1.1 分组散点图
  5.1.2 结合误差棒的点图
  5.1.3 综合型散点图
 5.2 折线图与趋势呈现
  5.2.1 分组折线图与时间趋势
  5.2.2 不规则间距的点线趋势图
  5.2.3 点线图与分组显著性标注
  5.2.4 棒棒糖图&哑铃图
 5.3 线性相关与回归分析
  5.3.1 线性相关分析
  5.3.2 分组回归曲线与拟合关系
  5.3.3 点线回归关系与误差显著性分析
第6章 多分组比较与多维统计图
 6.1 分组箱线图与分布图
  6.1.1 同变量多组箱线图
  6.1.2 ECDF图
  6.1.3 箱线图混合展示
 6.2 小提琴图与统计叠加
  6.2.1 小提琴图
  6.2.2 小提琴图-添加数据点+小提琴图-雨云图
 6.3 多分组混合结构图
  6.3.1 不同分组特征的多维度图
  6.3.2 组间差异与变化趋势的系统图
第7章 多因子复杂结构图
 7.1 高级统计图
  7.1.1 雷达图
  7.1.2 山脊图
  7.1.3 三元相图
  7.1.4 3D曲线图
  7.1.5 棋盘状离散热图
 7.2 多因子层次结构图
  7.2.1 分组显著性回归分析与线性趋势
  7.2.2 分组嵌套与多因素联合图
  7.2.3 多分组间差异的时间序列展示
第8章 热图与地理图
 8.1 热图结构设计
  8.1.1 多图例与组合热图
  8.1.2 热图与柱状堆积图融合
  8.1.3 单列注释型热图制作
  8.1.4 热图注释增强与自定义标记
 8.2 多维地理图绘制
  8.2.1 地图点位分布与注释展示
  8.2.2 地图热图融合与分组优化
第9章 网络分享与层级图
 9.1 分组网络与层级结构可视化
  9.1.1 层级网络图绘制
  9.1.2 微生物丰度相关性网络可视化
 9.2 共发生关系与子网络可视化
  9.2.1 物种共发生网络可视化
  9.2.2 Voronoi图
 9.3 树形图与复杂网络可视化
  9.3.1 树型布局与属性注释
  9.3.2 进化树与多热图联合可视化
  9.3.3 半圆进化树绘制与分支颜色注释
第10章 分类注释与群体特征图
 10.1 分类标签与注释强化
  10.1.1 丰度标注与群体分类热图
  10.1.2 分类标注与分组突出
 10.2 奖励分析与群体比较
  10.2.1 分类奖励与分组注释
  10.2.2 类别标注与分组对比
 10.3 环状结构与多维分组
  10.3.1 内向环形柱状图的分组与分面
  10.3.2 环状柱形图&南丁格尔玫瑰图
  10.3.3 环状柱状堆积图
第11章 多变量关系与分布结构图
 11.1 气泡图的分组与关联增强
  11.1.1 气泡图结合分组与边际数量统计
  11.1.2 气泡图增强注释与配对结构表达
 11.2 散点图的属性映射与误差表达
  11.2.1 散点图中多维属性映射与显著区域标注
  11.2.2 散点图中的均值线与误差棒显著性表达
  11.2.3 散点图与局部趋势的放大可视化
 11.3 拟合结构与边际布局增强
  11.3.1 点图拟合曲线结合边际直角分布图
  11.3.2 散点图拟合结构在不同分面下的变化
第12章 综合应用与图形优化
 12.1 误差标注与细节优化
  12.1.1 误差棒与统计显著性
  12.1.2 多维比较与局部放大
 12.2 组合型图形设计
  12.2.1 多元素柱状图增强设计
  12.2.2 柱状图嵌套子元素标记
  12.2.3 柱状排序图
 12.3 复杂标注与细节调整
  12.3.1 多标签注释布局
  12.3.2 多元素叠加标注设计
第13章 DeepSeek辅助R语言绘图
 13.1 认识DeepSeek
  13.1.1 DeepSeek的功能全景
  13.1.2 DeepSeek辅助绘图的优点
  13.1.3 快速使用指南
 13.2 为DeepSeek编写高质量提示词
  13.2.1 精确描述你的绘图需求
  13.2.2 提示词实战演练1：气泡图
  13.2.3 提示词实战演练2：柱状图
 13.3 利用DeepSeek修改优化代码
  13.3.1 基础参数调优
  13.3.2 图层增强与要素添加
封底